Badania archeologiczne dowodzą, że tereny Gminy Pałecznica były zamieszkałe już około 6000 lat temu. W pierwszych przekazach historycznych pojawiła się jako Pałesnica, Pałęsnica, Pałesznica, u Długosza Palcznycza. Wieś w powiecie miechowskim w dokumentach z 1337 roku wspomniana zostaje jako własność Mszczuja – wojewody sandomierskiego. Większość miejscowości wchodzących w skład dzisiejszej gminy ma średniowieczny rodowód. Świadczy o tym fakt, iż są one wymieniane przez Jana Długosza w dziele „Liber Beneficjorum”.
Rozwojowi osadnictwa sprzyjały dobre warunki klimatyczne i glebowe. Przez wiele wieków stanowiły one własność rodów rycerskich, a później szlacheckich. W średniowieczu przebiegał tędy szlak handlowy prowadzący z Krakowa, przez Proszowice do Wiślicy i Sandomierza. W wyniku rozbiorów teren gminy i całej ziemi proszowickiej znalazł się pod panowaniem austriackim. W latach 1809-1814 wchodził w skład Księstwa Warszawskiego, później, w latach 1815- 1831, znajdował się na obszarze Królestwa Polskiego, a następnie, aż do roku 1914, znalazł się w zaborze rosyjskim. W czasie Powstania Kościuszkowskiego zatrzymał się tu wraz ze swymi oddziałami Tadeusz Kościuszko przed bitwą pod Racławicami. Według szacunków niektórych historyków w Powstaniu Kościuszkowskim brało udział ponad 100 chłopów z rejonu Pałecznicy.
Pod koniec XIX wieku Pałecznica stała się siedzibą gminy, zachowując ten status w okresie międzywojennym. W 1975 roku straciła status gminy i połączona została z Racławicami, co w znacznym stopniu wpłynęło na osłabienie jej znaczenia oraz uniemożliwiło przekształcenie. Dopiero od kwietnia 1991 roku, kiedy Pałecznica stała się siedzibą władz gminy, możliwe było rozpoczęcie inwestowania prorozwojowego. 1 stycznia 1999 roku Pałecznica w wyniku kolejnej reformy administracyjnej została włączona do nowoutworzonego województwa małopolskiego.